COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 14.524942 14.524942 14.512037
2021-04-24 17:00:00 12.559996 12.559996 14.609850
2021-04-23 17:00:00 14.922159 14.922159 14.734228
2021-04-22 17:00:00 14.445795 14.445795 14.913553
2021-04-21 17:00:00 13.482796 13.482796 15.049879
2021-04-20 17:00:00 12.713488 15.120809 15.160775
2021-04-19 17:00:00 17.300673 17.300673 15.433225

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 9.265010 9.265010 9.966432
2021-04-24 17:00:00 7.298881 7.298881 10.145074
2021-04-23 17:00:00 9.421586 9.421586 10.379296
2021-04-22 17:00:00 14.027694 14.027694 10.650528
2021-04-21 17:00:00 9.465738 9.465738 10.970397
2021-04-20 17:00:00 11.699931 11.699931 11.155024
2021-04-19 17:00:00 17.604356 5.898449 11.123491

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 20.375000 20.375000 21.414504
2021-04-24 17:00:00 21.536351 21.536351 21.559805
2021-04-23 17:00:00 23.020706 23.020706 21.647981
2021-04-22 17:00:00 23.276836 23.276836 21.935962
2021-04-21 17:00:00 16.398104 21.761006 22.318948
2021-04-20 17:00:00 18.527919 18.527919 22.621829
2021-04-19 17:00:00 20.796460 22.116603 22.405431

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 19.032639 19.032639 14.608252
2021-04-24 17:00:00 16.253361 16.253361 14.498641
2021-04-23 17:00:00 15.605014 12.061908 14.465005
2021-04-22 17:00:00 12.484472 12.484472 14.590738
2021-04-21 17:00:00 12.170543 14.344450 14.655273
2021-04-20 17:00:00 14.267597 14.267597 14.738067
2021-04-19 17:00:00 10.236220 14.557637 15.125890

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 13.038892 13.038892 11.868603
2021-04-24 17:00:00 10.898651 10.898651 11.912889
2021-04-23 17:00:00 12.517474 12.517474 11.924146
2021-04-22 17:00:00 10.968963 10.968963 12.016013
2021-04-21 17:00:00 12.595420 12.595420 12.144669
2021-04-20 17:00:00 15.835671 11.346690 12.324991
2021-04-19 17:00:00 18.620882 12.494647 12.572719

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 30.981120 30.981120 28.360110
2021-04-24 17:00:00 25.665102 25.665102 28.452671
2021-04-23 17:00:00 30.812169 30.812169 29.192175
2021-04-22 17:00:00 28.426682 28.426682 29.863079
2021-04-21 17:00:00 17.495396 17.495396 29.860419
2021-04-20 17:00:00 30.069078 30.069078 30.102886
2021-04-19 17:00:00 43.871936 43.871936 30.659424

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 8.936377 8.936377 9.933768
2021-04-24 17:00:00 10.548087 10.548087 9.522719
2021-04-23 17:00:00 12.133072 5.988892 9.509554
2021-04-22 17:00:00 11.462882 11.462882 9.790966
2021-04-21 17:00:00 12.632085 12.632085 10.020579
2021-04-20 17:00:00 12.539611 12.539611 10.111898
2021-04-19 17:00:00 7.878788 7.878788 10.256032

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 7.483423 7.483423 6.666595
2021-04-24 17:00:00 6.786384 6.786384 6.675440
2021-04-23 17:00:00 7.096362 7.096362 6.709317
2021-04-22 17:00:00 6.940547 6.940547 6.710505
2021-04-21 17:00:00 6.348078 6.348078 6.675097
2021-04-20 17:00:00 4.873428 6.425978 6.665345
2021-04-19 17:00:00 13.331462 5.180641 6.618972

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 13.906057 13.906057 12.483789
2021-04-24 17:00:00 12.590253 12.590253 12.495990
2021-04-23 17:00:00 13.909774 13.909774 12.487163
2021-04-22 17:00:00 12.286563 12.286563 12.587723
2021-04-21 17:00:00 12.377850 12.377850 12.704940
2021-04-20 17:00:00 12.559140 12.559140 12.639485
2021-04-19 17:00:00 14.701601 8.840263 12.726427

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 13.492935 13.492935 15.060847
2021-04-24 17:00:00 14.036898 14.036898 15.717445
2021-04-23 17:00:00 15.063746 15.063746 16.411172
2021-04-22 17:00:00 15.045574 15.045574 17.212217
2021-04-21 17:00:00 14.016191 14.016191 17.965406
2021-04-20 17:00:00 12.128695 12.128695 18.923161
2021-04-19 17:00:00 12.798425 26.138321 19.904877

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 12.871287 12.871287 13.820295
2021-04-24 17:00:00 12.494558 12.494558 13.871928
2021-04-23 17:00:00 14.386584 14.386584 13.802160
2021-04-22 17:00:00 13.412229 13.412229 13.819123
2021-04-21 17:00:00 14.248990 14.248990 13.914350
2021-04-20 17:00:00 11.961451 16.950113 13.824963
2021-04-19 17:00:00 13.550940 12.842428 13.414040

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 3.892617 3.892617 6.323719
2021-04-24 17:00:00 10.132159 10.132159 6.347574
2021-04-23 17:00:00 3.356890 3.356890 6.467292
2021-04-22 17:00:00 9.450830 9.450830 6.611847
2021-04-21 17:00:00 4.567541 7.866109 6.690589
2021-04-20 17:00:00 1.162791 1.162791 6.640626
2021-04-19 17:00:00 2.953586 2.953586 6.719381

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 8.909574 8.909574 5.923693
2021-04-24 17:00:00 6.614447 6.614447 5.811019
2021-04-23 17:00:00 5.919854 5.919854 5.569506
2021-04-22 17:00:00 7.947020 7.947020 5.330897
2021-04-21 17:00:00 9.298532 5.220228 5.145527
2021-04-20 17:00:00 4.108584 4.108584 5.056209
2021-04-19 17:00:00 3.300330 0.822368 4.948161

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 30.536913 30.536913 35.125309
2021-04-24 17:00:00 25.597270 25.597270 34.993610
2021-04-23 17:00:00 37.065637 37.065637 36.024288
2021-04-22 17:00:00 45.814978 45.814978 36.623127
2021-04-21 17:00:00 50.420168 50.420168 37.346757
2021-04-20 17:00:00 28.145695 28.145695 38.002140
2021-04-19 17:00:00 16.455696 33.457944 38.314180

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 20.148331 20.148331 16.265536
2021-04-24 17:00:00 12.299625 12.299625 16.075231
2021-04-23 17:00:00 18.421053 18.421053 16.076631
2021-04-22 17:00:00 21.028440 21.028440 16.165041
2021-04-21 17:00:00 16.583158 16.583158 16.330870
2021-04-20 17:00:00 14.785992 14.785992 16.304539
2021-04-19 17:00:00 39.528193 11.002562 16.083653

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 50.376884 50.376884 40.754543
2021-04-24 17:00:00 35.154062 35.154062 40.579404
2021-04-23 17:00:00 59.243697 59.243697 40.053807
2021-04-22 17:00:00 46.039845 46.039845 40.017674
2021-04-21 17:00:00 38.955275 38.955275 39.787802
2021-04-20 17:00:00 33.752860 33.752860 39.770129
2021-04-19 17:00:00 16.030744 16.030744 39.312853

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 6.759907 9.414056 9.329960
2021-04-24 17:00:00 8.710562 8.710562 9.308874
2021-04-23 17:00:00 8.800264 8.800264 9.338566
2021-04-22 17:00:00 9.185102 9.185102 9.275120
2021-04-21 17:00:00 10.535466 10.535466 9.142212
2021-04-20 17:00:00 8.666453 8.666453 9.120765
2021-04-19 17:00:00 11.086351 9.220073 9.169654

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 16.541940 11.655498 12.192850
2021-04-24 17:00:00 12.196480 12.196480 12.248306
2021-04-23 17:00:00 9.869468 9.869468 12.355500
2021-04-22 17:00:00 12.641003 12.641003 12.509372
2021-04-21 17:00:00 13.426457 13.426457 12.623901
2021-04-20 17:00:00 12.440399 12.440399 12.707553
2021-04-19 17:00:00 15.926819 15.926819 12.832271

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 11.968918 11.968918 11.465753
2021-04-24 17:00:00 10.217968 10.217968 11.599260
2021-04-23 17:00:00 10.783787 10.783787 11.785350
2021-04-22 17:00:00 11.855142 11.855142 11.941877
2021-04-21 17:00:00 11.457951 11.457951 12.132597
2021-04-20 17:00:00 9.274194 13.796083 12.251164
2021-04-19 17:00:00 18.681851 9.348287 12.225966

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 17.706577 17.706577 14.900917
2021-04-24 17:00:00 13.671875 13.671875 14.745507
2021-04-23 17:00:00 20.120120 16.591592 14.963595
2021-04-22 17:00:00 17.070218 13.680387 15.010374
2021-04-21 17:00:00 14.304636 14.304636 15.264698
2021-04-20 17:00:00 11.805556 11.805556 15.258795
2021-04-19 17:00:00 9.333333 15.546218 15.410832

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 28.089888 28.089888 27.572986
2021-04-24 17:00:00 29.032258 29.032258 27.306407
2021-04-23 17:00:00 27.607362 27.607362 27.019921
2021-04-22 17:00:00 22.674419 22.674419 27.419961
2021-04-21 17:00:00 34.328358 34.328358 27.939135
2021-04-20 17:00:00 14.893617 21.472393 27.710119
2021-04-19 17:00:00 75.280899 41.486068 28.152667

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-25 17:00:00 26.621622 26.621622 27.130991
2021-04-24 17:00:00 14.898489 28.471412 26.939872
2021-04-23 17:00:00 73.352232 28.414550 26.624732
2021-04-22 17:00:00 23.981900 23.981900 26.428714
2021-04-21 17:00:00 31.913652 31.913652 26.206011
2021-04-20 17:00:00 20.685053 20.685053 25.960250
2021-04-19 17:00:00 21.971706 41.335102 25.712651

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.265010 9.265010 9.966432
Basilicata 20.375000 20.375000 21.414504
Calabria 19.032639 19.032639 14.608252
Campania 13.038892 13.038892 11.868603
Emilia-Romagna 30.981120 30.981120 28.360110
Friuli Venezia Giulia 8.936377 8.936377 9.933768
Lazio 7.483423 7.483423 6.666595
Liguria 13.906057 13.906057 12.483789
Lombardia 13.492935 13.492935 15.060847
Marche 12.871287 12.871287 13.820295
Molise 3.892617 3.892617 6.323719
P.A. Bolzano 8.909574 8.909574 5.923693
P.A. Trento 30.536913 30.536913 35.125309
Piemonte 20.148331 20.148331 16.265536
Puglia 50.376884 50.376884 40.754543
Sardegna 6.759907 9.414056 9.329960
Sicilia 16.541940 11.655498 12.192850
Toscana 11.968918 11.968918 11.465753
Umbria 17.706577 17.706577 14.900917
Valle d'Aosta 28.089888 28.089888 27.572986
Veneto 26.621622 26.621622 27.130991

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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